เซลล์ยีสต์และเซลล์ของแบคทีเรีย เป็นปัญหาสำหรับการทำไวน์ แต่ราไม่ค่อยมีปัญหาถ้ามีก็เนื่องมาจากภาชนะไม่สะอาดพอ เมื่อการหมักสิ้นสุดลงแล้ว ต้องมีการถ่ายไวน์เพื่อขจัดตะกอน (lees) ออกไป เรียกว่า First Racking ถ้าปล่อยตะกอนของยีสต์ไว้นานจะเกิดการย่อยตัวเอง (autolysis) ทำให้เกิดกลิ่นรสชาติผิดปกติไปและทำให้ปริมาณกรดอะมิโนในไวน์เพิ่มขึ้น ถ้าปล่อยยีสต์เจริญอยู่ในไวน์นานๆ ยีสต์จะช่วยเอาธาตุอาหารมาจากตะกอนมากขึ้น ทำให้เกิดสภาวะที่เหมาะสมให้แก่พวกมาโล-แลกคิกแบคทีเรีย (malo-lacticbacteria) เจริญเพิ่มจำนวนมากขึ้น ทำให้ไวน์ขุ่นและถ้าปล่อยให้ยีสต์เจริญต่อไป มาโล-แลคติกแบคทีเรียจะเปลี่ยนกรดมาลิกไปเป็นกรดแลกติค และยังสามารถสร้างสารที่ทำให้เกิดลักษณะเจล (gel-tinaus thickening agent) การป้องกันความขุ่นจากเซลล์จุลินทรีย์สามารถทำได้โดยการพาสเจอร์ไรซ์ (pasteurization) หรืออาจใช้เครื่องกรองอย่างละเอียด (micro filter) อรพิน, 2526)
ในน้ำผลไม้จะมีอิออนของโลหะต่างๆ เช่น โปแตสเซียม เหล็ก ทองแดง แมกนีเซียม อิออนเหล่านี้มักพบในปริมาณน้อยมาก การเกิดความขุ่นเนื่องจากเหล็กเกิดจากสารประกอบเชิงซ้อนของเหล็กกับฟอสเฟต แทนนิน และสารอินทรีย์ ที่เป็นคอลลอยด์ในไวน์ ทำให้เกิดการแขวนลอย ทองแดงก็เช่นเดียวกับเหล็ก แต่พบว่าการเกิดความขุ่นของทองแดง (copperciound) เนื่องมาจากการเกิดสารประกอบเชิงซ้อนกับโปรตีน และพบว่าแสงเป็นปัจจัยสำคัญที่จะเร่งทำให้เกิดการขุ่นมากขึ้น การป้องกันหรือแก้ไขการเกิดการขุ่นเนื่องจากอิออนของโลหะทำได้โดย การกำจัดโปรตีน เพื่อป้องกันการเกิดสารประกอบเชิงซ้อนกับโลหะ การเลือกใช้ภาชนะบรรจุไวน์ที่มีสีเหมาะสมในการดูดกลืนแสงก็สามารถที่จะป้องกันได้
ในระหว่างการสุกของผลไม้ โปรโตเพคตินจะเปลี่ยนเป็นเพคตินที่ละลายน้ำได้โดยเอนไซม์โปรโตเพคติเนส ทำให้มีเพคตินในน้ำผลไม้ การขุ่นจากสาเหตุนี้สำคัญมาก และพบอยู่เสมอ การกำจัดโดยใช้เอนไซม์เพคติเนส
สารพวกนี้จะทำให้ไวน์เกิดการขุ่นในรูปของการตกผลึกที่ไม่โครงสร้าง(amorphousprecipitate) เมื่อโปรตีนกระจายตัวอยู่ในไวน์จะอยู่ในรูปของ Colloidalmincells ที่มีประจุบวก สามารถกำจัดโปรตีนได้โดยการใช้เบนโทไนท์
การทำให้ไวน์ใส ทำได้โดยการเติมสารในรูปสารละลายหรือสารแขวนลอย เพื่อทำ ปฏิกิริยากับแทนนิน กรด โปรตีน โดยทำให้ตะกอนเกิดการรวมตัวกันเอง หรือจับกับสารที่เติมลงไปเมื่อมีน้ำหนักมากก็จะตกตะกอนลงมา สารที่ใช้ในการตกตะกอนแบ่งออกตามคุณสมบัติได้ 3 ชนิด คือ
เคซีน เป็นโปรตีนในนม ได้จากการตกตะกอนด้วยนม ปกติไม่ละลายน้ำแต่เมื่ออยู่ในรูปของโซเดียมหรือโปรแตสเซียมเคซีเนท ซึ่งเป็นด่างเกิดการจับตัวและตกตะกอน ซึ่งจะจับกับสารประกอบในไวน์ให้ตกตะกอนไปด้วย ปัจจัยที่มีผลต่อการตกตะกอนคือความเข้มข้นของเคซีน แทนนิน อุณหภูมิ และคุณลักษณะของไวน์ก่อนการใช้เคซีน พบว่าเคซีน 2 เปอร์เซ็นต์ ก็เพียงพอในการตกตะกอน แทนนินช่วยให้การตกตะกอนดีขึ้น การใช้อุณหภูมิจะทำให้การตกตะกอนโดยเคซีนมีประสิทธิภาพมากขึ้น
ไข่ขาวสามารถใช้ในการตกตะกอนไวน์ได้ใช้ปริมาณ 5-8 ฟอง เฉพาะไข่ขาวต่อไวน์ 378.5 ลิตร เมื่อใช้ไข่ขาวและจะต้องให้ความร้อนแก่ไวน์ เพื่อให้ไข่ขาวที่จับกันแล้วตกตะกอนบางครั้งอาจใช้ไข่ขาวผง แต่การนำมาใช้ต้องนำมาละลายน้ำและทิ้งไว้ 24 ชั่วโมง และไข่ขาวยังสามารถกำจัดรสฝาดได้ด้วย
เจลาตินเป็นสารที่นิยมใช้ในการตกตะกอนไวน์มากที่สุด มีคุณสมบัติเป็นประจุบวกจะจับกับสารซึ่งมีประจุลบ เช่น แทนนิน เจลาติน ที่ใช้ในการตกตะกอนต้องมีความบริสุทธิ์สูงและปราศจากกลิ่นรสดูดซับน้ำได้ 5-9 เท่า มีลักษณะเป็นเจนที่มีความหนืด ปัจจัยที่มีผลต่อเจลาติน คือ ความเข้มข้นของกรดด่าง อุณหภูมิ ปริมาณแทนนินและการบ่ม ระยะเวลาที่จะทำให้ไวน์ใสประมาณ 2-3 สัปดาห์ พบว่าการใช้ถังเล็กๆ ในการบ่มไวน์ จะทำให้เกิดความใสได้ดีกว่า ปกติจะใช้เจลาตินประมาณ 2 ออนซ์ ต่อ 150 แกลลอน (มิลลิกรัม/ลิตร)
วิธีการใช้เจลาติน ทำได้โดยการละลายเจลาตินในน้ำร้อน หรือเติมลงในไวน์แต่ทำการอุ่น การใช้เจลาตินปริมาณมากเกินไป จะมีผลต่อการเปลี่ยนแปลงของสีและรสชาติ ของไวน์อีกด้วย
แทนนินที่ดีที่สุดได้จากการสกัดจากเมล็ดและผิวองุ่น เรียกทางการว่า "OENOTENIN" แทนนินที่ดีไม่ควรทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงของไวน์ไปในทางที่ไม่ดี โดยเฉพาะ กลิ่นรส และจะต้องทำให้ไวน์เปลี่ยนสีน้อยที่สุด แทนนินนอกจากทำให้ไวน์ใสแล้ว บางครั้งจะมีการเติมแทนนินลงไปเพื่อจะเพิ่มความฝาดให้กับไวน์ ซึ่งจะต้องใช้แทนนินที่มีความบริสุทธิ์สูง เช่น ยู เอส พี แทนนิน (U.S.P. TANNIN) มักนิยมใช้แทนนินตกตะกอนไวน์ก่อนที่ใช้เจลาติน
ในทางการค้ามีการผลิตเอนไซม์ย่อยเพคติน สามารถใช้ในการทำให้ไวน์ใส โดยเฉพาะไวน์ผลไม้ ซึ่งมีองค์ประกอบของเพคตินอยู่สูง อุณหภูมิเป็นปัจจัยสำคัญในการควบคุมการตกตะกอนของเอนไซม์ จากการทดลองพบว่า ประสิทธิภาพจะเพิ่มขึ้นที่อุณหภูมิ 0 - 48.9 องศาเซลเซียส และจะยับยั้งโดยสมบูรณ์ที่อุณหภูมิ 60 องศาเซลเซียส การใช้เอนไซม์จะได้ผลดี เมื่อใช้ขณะที่ทำการหมัก แต่จะทำให้อัตราการหมักและอัตราการเจริญของยีสต์ลดลง
เบนโทไนท์เป็นก้อนดินเหนียว MONTMORILLONITS ปริมาณสูงและมีโครงสร้างที่ผิวหน้าละเอียด มีคุณสมบัติในการพองตัวในน้ำได้ดี มีพื้นที่ผิวประมาณ 300-400 ตารางเมตร/กรัม เบนโทไนท์มีประจุบวกในไวน์ และมีความสามารถในการดึงโปรตีนที่ไวต่อความร้อนออกมา
การใช้เบนโทไนท์ : ปริมาณที่ใช้ 5 กรัม ละลายในน้ำ 100 มิลลิลิตร เขย่าอย่างแรง ให้ละลาย ทิ้งไว้ค้างคืนเพื่อให้พองตัวเต็มที่ หากต้องการรีบใช้ อาจเร่งให้เกิดการพองตัวโดยตั้งไฟประมาณ 60 องศาเซลเซียส 10 นาที ทิ้งไว้ให้เย็น ใช้สารละลายนี้ 5 - 20 มิลลิลิตรต่อไวน์ 1 ลิตร ทั้งนี้ขึ้นอยู่กับความขุ่น (อาจต้องหาปริมาณความเข้มข้นที่เหมาะสมด้วยวิธีที่เรียกว่า BENTO TEST) คนให้เข้ากันจนทั่ว ปล่อยทิ้งไว้ให้ตกตะกอนนอนก้นจนไวน์ใส ใช้เวลาประมาณ 1 - 3 วัน ใช้สายยางดูดเฉพาะส่วนในใส่ภาชนะที่สะอาด การตกตะตอนด้วยวิธีนี้อาจทำพร้อมกับการหยุดการหมักก็ได้ (วิลาวัลย์, 2528)
ปัจจัยที่มีผลต่อการกำจัดโปรตีนในไวน์โดยเบนโทไนท์ได้แก่
คือการดึงเอาโปรตีนออก ป้องกันการขุ่นเนื่องจากธาตุทองแดงและเหล็ก ดูดซับสารที่จำเป็นในการเจริญเติบโตของยีสต์ สารออกซิไดส์ และวัตถุอื่นๆ
คือ การทำให้เกิดการแลกเปลี่ยนของธาตุต่างๆ เช่น โซเดียม โปแตสเซียม แคลเซียม และแมกนีเซียม การดูดซึมแสงดึงพวกวิตามินออกมา และเกิดการตกตะกอนมากเกินไป (ปราโมทย์, 2531)